两审批程序性质是内部程序，该程序启动的条件、步骤、时限等要素在《土地管理法》中并不完备。当然，既然立法者把它归入了内部程序，那么这些要素是否需要在法律上一一列出，也就不是最为重要的立法事务了。不过，它有待改进之处是，在国家在集体土地所有权人、使用权人不知情的前提下，通过农用地转用审批、征收审批两道程序，将非国有财产的集体土地变成了国家所有。正如有学者所说：《土地法》与《拆迁条例》一样，由行政部门控制了征地的全过程。既没有规定立法机关的授权，也没有给予受影响的公众民主参与的权利，更没有司法审查的要求。 这样的程序设计显然与国家本位的观念有着密不可分的关系。这种观念认为，对非国家所有财产的处置，只要国家需要就必须无条件地服从，根本没有与国家讨价还价的余地。它藐视一切独立于国家之外的人与物，甚至将其视为异已而当作国家的最大威胁来防范。虽然支持1998年的《土地管理法》的国家本位制度与观念已大大弱化了，但是即便是强驽之末，它依然有余威。
基于正当程序的要求，在两审批程序中应当引入集体土地所有权人、使用权人介入程序，给予集体土地所有权人、使用权人在法律程序上的抗辩权。如果等到造成既成事实之后再告知，那么即使审批机关错误审批，其纠正的成本是相当高的。基于预先防止优于事后纠错之常理，两审批程序必须向集体土地所有权人、使用权人开放，从而实现集体土地所有权人、使用权人维权的实质性目标。
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